בית-הספר הוקם בשנת-1950 ונקרא בשם "תל-גנים", השם ניתן בגלל מיקומו הגאוגרפי שלו בלב השכונה תל גנים והוא שימש כבית ספר שכונתי.
במקור, שטח בי"הס היה גדול ולכן תרם בי"הס חלקת אדמה משטחו להקמת בית כנסת שכונתי לרווחת תושבי השכונה. בכך חרט בית הספר על דגלו את הסובלנות והסבלנות.
בשנת 1981 הוסב שמו של בית הספר לבית הספר על שם יאנוש קורצ'אק, המחנך הדגול, והכיל גם את תלמידי הסביבה שמעבר לשכונה.
שם בית הספר מחייב את הבאים בשעריו ללכת בדרכו החינוכית של קורצ'אק.
